Cuộc bầu cử Tổng thống - Phó tổng thống được tiến hành cùng lúc. Ban đầu Tổng thống được Đại hội Quốc dân bầu cử gián tiếp[6], nhiệm kì 6 năm, được tái ứng cử và đắc cử 1 lần[7]. Trong cuộc bầu cử Tổng thống - Phó tổng thống khóa 3 năm 1960, Đại hội Quốc dân trích dẫn và sửa đổi "Điều khoản lâm thời trong thời kì chống loạn (Trung Cộng)", cho phép Tổng thống - Phó tổng thống được tái ứng cử và đắc cử nhiều lần. Sau này bắt đầu từ cuối thập niêm 80, trong tiến trình thực hiện dân chủ hóa, Đại hội Quốc dân sửa đổi Hiến pháp vào năm 1992, và thực hiện Cuộc bầu cử Tổng thống - Phó tổng thống trực tiếp đầu tiên vào năm 1996, nhiệm kì 6 năm được sửa thành 4 năm, được tái ứng cử và đắc cử 1 lần; quy chế chính trị tương đương với chế độ Bán-Tổng thổng. Sau khi Tổng thống được sửa thành bầu cử trực tiếp, ngày bầu cử thường được đặt vào ngày thứ Bảy tuần thứ 2 tính từ cuối tháng của tháng 3, Tuy nhiên Cuộc bầu cử Tổng thống - Phó tổng thống khóa 13 năm 2012, Ủy ban bầu cử quốc gia vì muốn tiết kiểm chi phí bầu cử và giảm thiểu những rạn nứt xã hội sau mỗi lần bầu cử, nên sắp xếp ngày bầu cử Tổng thống-Phó Tổng thống cùng lúc với bầu cử Viện Lập Pháp khóa 8 vào ngày 14 tháng 1, ngày tuyên thệ nhậm chức vẫn cố định vào ngày 20 tháng 5. Từ đó thời gian bàn giao chính quyền cho Tổng thống mới đắc cử kéo dài hơn 4 tháng, đã gần như làm cản trợ phần nào tới hoạt động quyết sách của chính phủ đương nhiệm mỗi khi thay đổi người hoặc chính đảng cầm quyền.[cần dẫn nguồn]